粪便中的固形物沉淀在化粪池中，通过厌氧微生物的作用使其中大部分有机物得到厌氧降解(会产生一定量沼气)，同时通过化粪池处理可以使粪便中的大部分寄生虫卵、病菌死亡。那些最后不能被厌氧微生物分解的残渣会定期被环卫部门的抽粪车抽走(一般一年左右一次)，目前全数城市的环卫部门基本都建有粪便残渣处理中心，主要是通过压滤脱水后作为固体废弃物(垃圾)被填埋。

而化粪池中出来的上清液就是我们认为的生活污水的一部分，大中型城市一般都建有城市生活污水处理厂，该废水就进入污水处理厂处理。一些没有建污水处理厂的城市，废水就直接排放到水体中。